Há muitas versões sobre as origens do Reiki. A história desenrola-se desde os primórdios da Humanidade, sendo este sistema de cura, certamente, mais antigo do que qualquer relato escrito. No fim do Século XIX, nasceu Mikaomi Usui, na vila de Yago - Distrito de Yamagata - Japão. Faleceu em 1926.
Mikao Usui, como ficou conhecido, redescobriu o Reiki, após longos estudos da Medicina Chinesa, Ayurveda, Qigong e Yoga. Ele metodizou a prática desta terapia e passou a ensinar novos mestres em Reiki. Ele ensinou Reiki e sua prática a diversos médicos no Japão, dentre eles, o Dr. Chujiro Hayashi o qual, por sua vez, iniciou a Sra. Hawayo Takata, uma americana de origem haviana que trouxe o Reiki para o Ocidente, na década de 40.
As origens do Reiki perdem-se no tempo. Grande parte de seu conhecimento foi repassado oralmente de mestre para discípulo.